El primer ganador de la Baja 1000, fue el motociclista Dave Ekins, en 1962 cuando la competencia -ahora una de las más importantes del mundo- era conocida como Mexican 1000 Rally.

La carrera tenía a la ciudad de La Paz, B.C.S como meta; el punto de salida fue la ciudad de Tijuana. En esa primera edición, que comenzó como una exhibición, también había sido seleccionado el hermano de Ekins para recorrerla pero un contrato de patrocinio le impidió competir; en su lugar participó Bill Robertson Jr. co-propietario de Honda Hollywood.

La primera edición de la Mexican 1000 Rally fue más bien una competencia accidentada; los competidores desconocían la superficie del terreno y las circunstancias climatológicas de la costa del Pacífico. Para poder completar el recorrido tuvieron que ser asistidos por una avioneta cada 80 millas que les asistía con combustible; entre Ensenada y La Paz no había ni una sola estación de gasolina. Así partieron el 17 de marzo de 1962.

Con mapas antiguos de la región, y adversidades geográficas, el tiempo objetivo de 32 horas fue rápidamente olvidado. En San Ignacio, Mulegé, se dieron cuenta que había fragmentos de neumáticos en el camino; habían estado recorriendo la zona en círculos.

Para registrar su tiempo, sellaban formas en las oficinas de telégrafo, ahora llamados Puntos de chequeo. El primer tiempo registrado de la competencia, fue de 39 horas y 54 minutos, realizado por Dave Ekins, quien repetiría la hazaña cuatro años más tarde en 1966, mejorando su tiempo por ocho minutos, a pesar de haberse perdido en el camino, aproximadamente por diez minutos.

El eco de la competencia llamó la atención de Ed Pearlman, florista del valle de San Fernando, quien organizaría el 31 de octubre de 1967, la primera competencia bajo el nombre La Baja 1000, regida ya no por las oficinas de telégrafo, sino por la National Off Road Racing Association, dirigida por Pealman.

En 1974 fue interrumpida por una serie de circunstancias políticas y económicas, sin embargo, al año siguiente, en 1975 volvió al ruedo. Desde entonces ininterrumpidamente, año con año se realiza esta competencia, con excepción de las ediciones que tuvieron lugar durante la pandemia.

Durante el 2023 tendrá un cambio de ruta, que históricamente es el primer cambio significativo que se hace, partiendo de La Paz, hasta llegar a la ciudad de Ensenada.

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